PARA ilmuwan dari Universidad Nacional Autónoma de México menemukan usus dan feses yang masih utuh dalam jasad pria muda berusia sekitar seribu tahun di Zimapán, Meksiko. Temuan langka yang telah diterbitkan di jurnal PLOS One itu mengungkap kondisi mikroba usus manusia kuno yang mencerminkan pola makan alami dan gaya hidup sebelum hadirnya makanan olahan dan antibiotik.
Tubuh pria tersebut terawetkan secara alami di dalam gua batu, memberi kesempatan bagi peneliti untuk menelusuri bakteri yang hidup di dalam tubuhnya. Melalui teknik pengurutan gen 16S rRNA, tim mengidentifikasi beberapa keluarga bakteri yang masih terdapat dalam tubuh manusia modern, seperti Peptostreptococcaceae, Clostridiaceae, Enterobacteriaceae, dan Enterococcaceae.
Namun, hasil identifikasi tim menunjukkan proporsinya berbeda dengan manusia masa kini. Beberapa mikroba sangat melimpah, sementara yang lain sama sekali tidak ditemukan. Kondisi ini menunjukkan bagaimana kehidupan sebelum industrialisasi membentuk sistem pencernaan manusia.
Pria tersebut diduga hidup sebagai pemburu-pengumpul musiman dari kebudayaan Otopame. Ia tinggal di lingkungan kering dan mengonsumsi makanan alami seperti tanaman, akar, dan serangga.
Peneliti menemukan kadar tinggi Clostridium, bakteri yang berfungsi memecah serat dan menghasilkan asam lemak rantai pendek penting bagi kesehatan usus. Hal ini menunjukkan bahwa pola makannya kaya akan bahan tanaman alami, seperti agave, mesquite, dan kaktus pir berduri.
Beberapa mikroba usus juga mampu mencerna kitin—zat yang terdapat dalam cangkang serangga—yang menandakan bahwa serangga merupakan bagian dari makanannya. Hingga kini sebagian masyarakat Hidalgo masih memakan serangga yang dapat dimakan, tradisi yang telah berlangsung selama ratusan generasi.
Satu temuan yang mengejutkan adalah keberadaan Romboutsia hominis, bakteri yang sebelumnya hanya ditemukan pada manusia modern. Kehadirannya di usus kuno itu menunjukkan kesinambungan lintas waktu antara manusia kuno dan modern.
Namun, sejumlah kelompok bakteri seperti Bacteroidaceae dan Bifidobacteriaceae ditemukan dalam jumlah sedikit, sedangkan Prevotellaceae sama sekali tidak ada. Para peneliti menilai perbedaan ini bisa disebabkan pola makan dengan sedikit karbohidrat dan lebih banyak protein serta tanaman liar.
Ketika dibandingkan dengan sampel mikrobioma dari populasi modern dan mumi Andes, mikrobioma pria Zimapán berada di antara keduanya. Ususnya lebih mirip dengan orang-orang kuno Andes daripada penduduk kota masa kini, yang cenderung memiliki mikrobioma lebih sederhana akibat makanan olahan dan kebersihan ekstrem.
Penelitian dilakukan dengan protokol ketat untuk mencegah kontaminasi. Para ilmuwan bekerja di ruang steril dengan pencahayaan ultraviolet, mengekstraksi DNA dalam jumlah kecil, dan menganalisisnya di dua laboratorium berbeda. Namun, lebih dari 90 persen DNA mikroba yang ditemukan tidak cocok dengan basis data global, menandakan kemungkinan adanya garis keturunan mikroba yang telah punah.
“Sisa jasad pria Zimapán dibungkus dengan rapi seperti sebuah bundel, yang dapat diartikan bahwa ia adalah sosok penting dalam komunitasnya,” tulis para peneliti dikutip dari laporan Earth, 13 Oktober 2025.
Lapisan luar pembungkus jasadnya terdiri dari tikar anyaman serat maguey, sedangkan di bawahnya terdapat lembar kain halus dari kapas cokelat asli. “Dengan mempelajari komposisi matematis simpul dalam kain tersebut, kami menyimpulkan bahwa susunannya unik dan kompleks untuk dibuat,” kata peneliti.
Temuan ini menunjukkan keterpaduan antara ilmu pengetahuan dan budaya. Penelitian tidak hanya mengurai DNA, tapi juga menggambarkan hubungan manusia dengan mikroba yang telah terbentuk selama ribuan tahun.
Mikrobioma pria Zimapán menjadi kapsul waktu biologi manusia. Bakteri ususnya menggambarkan ketahanan dan keseimbangan hidup dengan alam. Para ilmuwan menilai manusia modern mungkin hidup lebih lama, tapi kehilangan keberagaman mikroba yang dulu berperan dalam kesehatan dan kemampuan beradaptasi.
